NLP早期的发展，受到著名的心理学家葛瑞利·贝特森(Gregory Bateson) 很大的影响。贝特森的研究范围包括“神经机械学”，研究机械和动物、人类之间的信息传递及控制的科学，信息传递离不开“系统”的概念。同时，NLP的发展源于深入研究三位临床心理治疗界的顶级大师的卓越所在，因而编出一套系统的理论和技术出来。这三位大师超越业内其他心理专家的理由，就是他们对“系统”有强烈的意识。
20世纪90年代初，Robert Dilts, Todd Epstein和Judith Delozier成立NLP University，致力于推广注重系统平衡的NLP，即“系统派NLP”。这个方向马上得到NLP学界第二、第三梯队的那些机构的广泛认同。它强调系统平衡的重要性，并否定任何罔顾系统平衡的理论和技术。
“系统平衡”包括了：
1、本人内心的完整性：我是否身心一致、里外如一？(例如很多人不能成功戒掉抽烟的习惯，就是因为内心总有一个部份在坚持下去，虽然其它部份认同抽烟对健康不好、应该戒掉。)
2、对方的完整性：有没有给对方足够的空间，容许他有与你不一致的部份？(例如我是否坚持对方去做他不愿意做的事？)
3、两个人相加而产生的“我们”：其中有没有足够的共同信念、共同价值？(例如当我与你谈话的时候，我是否在说一些两人都感兴趣、或者有好处的事，抑或我只理会自己的需要？)
4、以上的三个系统，对更大的系统来说(例如公司、家庭、社会、甚至整个世界)，是一份怎样的关系呢？(例如我跟老婆离婚的决定，对孩子会有些怎样的伤害？又例如他与供货商的秘密协议，对公司会有什么不利影响？)
忽略了上述四个系统的平衡，任何改变、任何计划、任何行为都不会有真正的效果，就算有效也不会长久，就算长久也必然会有后遗症。
国内有些系统派NLP导师认为只有系统派NLP才会注重系统平衡，其实不然。系统平衡的概念来源于NLP的源头宗师葛瑞利·贝特森，两位创始人发展出来的NLP理论和技术，深受他的影响；而且所有的理论和技术都具备完善的体系架构，都符合系统平衡的原则；事实上，在结构派NLP的每个技术中，都有一个系统平衡检查的关键步骤，它是决定改变能否持久有效的关键。
因此，结构派的NLP并非不注重系统平衡，只是没有像系统派NLP那样，把系统平衡作为一个单独的主题来讨论而已；而且，结构派NLP的推崇者——两位NLP创始人并不认同系统派中的那些有关信念系统、理解层次的理论，认为他这是在做精神分析，把他自己的东西强加给别人。虽然这些有关信念系统和理解层次的理论和技巧的确也非常有用。
另外，系统平衡虽然重要，但结构派NLP的理论体系架构却是NLP最重要的核心，它是NLP得以生存和发展的根基；而系统派的NLP则是在结构派NLP的基础上发展出来的一些应用性的理论和技巧。因此，不精通结构派NLP的核心体系架构，而只专注于系统派NLP的理论和技巧，那是舍本逐末，无法真正领悟NLP的真谛，也无法充分发挥NLP的威力。
事实上，国内很多系统派的NLP导师，就在专注于教授NLP的“系统性”的理论和技巧——信念系统、理解层次等；课程已经进行了三天，学生还不知道表象系统、四觉并进的含义；整个课程学完后，学生仍然没有真正明白神经、语言、程式这三者之间的关系；更不明白心灵地图是如何形成的，地图、疆域、以及客观世界之间有何差异和联系；因而，很多人学完了这样的NLP课程后，似懂非懂，掌握了一大堆的NLP理论和技巧，却没有形成自己的体系，就算他们非常精通“系统平衡”理论，也无法真正发挥出NLP的威力；因为他们不知道改变的真谛是什么，也不知道自己究竟在干什么。
科学的做法是，先掌握结构派NLP的核心理论架构与技术，再学习系统派NLP的理论和技巧，这样你学起来会得心应手、事半功倍，很快就会融会贯通。
——黄雄斌 老师
2012年2月 谨致于 上海
